თსას-ის დოქტორანტურის კურსდამთავრებულს სადოქტორო დისერტაციის დაცვის შემდეგ ენიჭება თეოლოგიის დოქტორის აკადემიური ხარისხი; სადოქტორო პროგრამა მოიცავს 180 ECTS კრედიტს. აქედან 45-60 ECTS კრედიტი განკუთვნილია სასწავლო კომპონენტისათვის, ხოლო 120-135 ECTS კრედიტი კვლევითი კომპონენტისათვის.
დოქტორობის კანდიდატს მოეთხოვება ერთ-ერთი ევროპული (ინგლისური, გერმანული, ფრანგული, ახალი ბერძნული, რუსული) ენის ცოდნა არანაკლებ B2 დონეზე (უცხო ენის გამოცდისაგან თავისუფლდებიან B2 დონის დამადასტურებელი დიპლომის ან სერტიფიკატის მქონე პირები);
დოქტორანტურაში ჩარიცხვა ხდება წინასწარი გასაუბრების, სპეციალობასა და უცხო ენაში გამოცდებზე მიღებული შედეგების მიხედვით;
დოქტორანტურაში ჩარიცხვისას ყურადღება ექცევა აკადემიურ მოსწრებას (სამაგისტრო შრომების შეფასებასა და სამაგისტრო Dდიპლომის დანართს);
დოქტორანტების ჩარიცხვის თაობაზე გადაწყვეტილებას იღებს თსას- ის სამეცნიერო საბჭო და ამტკიცებს თსას-ის რექტორი;
დოქტორანტად ჩარიცხვაზე დადებითი გადაწყვეტილების მიღების შემთხვევაში თსას-ის რექტორი გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს;
დოქტორანტს ენიშნება შესაბამისი ცენზისა და კვლევის გამოცდილების მქონე სამეცნიერო ხელმძღვანელი;
თსას-ს, სადოქტორო პროგრამის ხელმძღვანელსა და დოქტორანტს შორის იდება სამმხრივი ხელშეკრულება, რომელშიც განისაზღვრება მხარეთა ვალდებულებები და უფლებები. ხელშეკრულების ნაწილია დოქტორანტის ინდივიდუალური გეგმა.
ჩარიცხული დოქტორანტების საკვალიფიკაციო ნაშრომს ამტკიცებს სადისერტაციო საბჭო ხმათა უმრავლესობით.