В Тбилисской Духовной Академии и Семинарии действует Ученый Совет с совещательным правом с ректором. Он является высшим органом академической ( просветительно-научной) и административной деятельности, уполномоченный принять решения самостоятельно в пределах своей компетенции. Решения Ученого Совета обязательны для всех структурных единиц Тбилисской Духовной Академии.
Председателем Ученого Совета яляется ректор Тбилисской Дкховной Академии и Семинарии.