თბილისის სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის მართვის ორგანოებია:
სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის რექტორთან სათათბიროს უფლებებით მოქმედებს სამეცნიერო საბჭო. სამეცნიერო საბჭოს გადაწყვეტილებანი სავალდებულოა თბილისის სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის ყველა სტრუქტურული ერთეულისათვის. სამეცნიერო საბჭოს თავმჯდომარეა თბილისის სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის რექტორი.