Духовное образование в Грузии основано c IYвека. Монастыри и церкви
были значительными очагами просвещения. В средних веках особенно известными были Тао-Кларджеткий, Гелатский, Икалтойский., Гремский и Шиомгвимский просветительные очаги. Несмотря на трудные времена и экономическую нужду до начала XIX века существовали Тбилисский и Телавский училища. В 1817 году открылась русская Духовная семинария, просуществовавшая до 1917 года.
После восстановления автокефалии Грузинской Православной апостольской Церкви, при Католикосах – Патриархах Кириона IIи Леонида велась серьезная работа для создания Духовной семинарии. Но, в феврале 1921 года в условиях новой агрессии и оккупации со стороны советской России, когда Грузинская Православная Церковь была объявлена вне законной организацией, думать об открытии духовного училища и речи не могло быть. Лишь 14 октября 1963 года по благословению Католикоса-Патриарха Ефрема II во Мцхета были открыты пастырские курсы, переделанные в 1965 году в Духовную семинарию. Ректором до 1972 года был Шемокмедский епископ , а после Цхум-Абхазский митрополит Илия (Шиолашвили).На первый курс было зачислено 4 слушателя, после количество студентов на каждом курсе было 10 (всего было 3 курса).
В 1972 году на протяжение нескольких месяцев ректором семинарии был Католикос-Патриарх Давид Y(Девдариани). В 1972-1977гг. Цилканский митрополит Гайоз (Кератишвили), 1978-79 гг.- протоиерей (нынешний митрополит) Георгий (Шаламберидзе). В 1979-1980 гг. архиепископ Тадеоз . В 1980-1983 гг. - митрополит Давид (Чкадуа). В 1984 -1988 гг. Цилканский епископ Зосиме (Шиошвили).
В 1988 году по благословению Святейшего и Блаженнейшего Католикоса-Патриарха всея Грузии была создана Тбилисская Духовная академия и семинария.
В академию зачислены были 14 студентов. 30 студентов присоединились из мцхетской семинарии. Первым ректором академии был Цилканский епископ – нынешний митрополит Зосиме (Шиошвили). В1989-1993 гг. обязанности ректора исполнял протопресвитер Георгий, нынешний митрополит Иоанн (Гамрекели), В 1993-2003 гг. митрополит Авраам (Гармелия), в 2004-2005 гг. митрополит Феодор (Чуадзе), 2005-2009 гг. Патриарх Грузии Святейший и Блаженейший Илия II. 2 октября 2009 г. ректором Духовной академии и семинарии был назначен протопресвитер Георгий (Звиададзе).
С 1993 года при Духовной академии был открыт Богословский институт с факультетами христианской антропологии и христианского искусства. В 2005 году открылся факультет иконописи, реставрации и прикладного искусства, в 2006 году институт декоративного и экологического садоводства, высшее учебное училище церковного песнопения и песни .