სასულიერო განათლება საქართველოში IV საუკუნიდან მკვიდრდება. ეკლესია-მონასტრები მნიშვნელოვან საგანმანათლებლო კერებსაც წარმოადგენდა. შუა საუკუნეებში განსაკუთრებით განთქმული იყო ტაო-კლარჯეთის, გელათის, იყალთოს, გრემისა და შიომღვიმის საგანმანათლებლო კერები. ძნელბედობისა და ეკონომიკური გაჭირვების მიუხედავად, XIX საუკუნის დასაწყისამდე არსებობდა თბილისისა და თელავის სასულიერო სასწავლებლები.
1817 წელს თბილისში გაიხსნა რუსული სასულიერო სემინარია, რომელმაც იარსება 1917 წლამდე.
საქართველოს მართლმადიდებელი სამოციქულო ეკლესიის ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ, კათოლიკოს-პატრიარქების კირიონ II-ისა და ლეონიდეს დროს, სერიოზული მუშაობა მიმდინარეობდა სასულიერო სემინარიის დაარსებისათვის, მაგრამ 1921 წლის თებერვალში საბჭოთა რუსეთის მიერ განხორციელებული ახალი აგრესიისა და ოკუპაციის პირობებში, როდესაც საქართველოს მართლმადიდებელი სამოციქულო ეკლესია კანონგარეშე ორგანიზაციად გამოცხადდა, სასულიერო სასწავლებლის გახსნაზე ფიქრიც კი არ შეიძლებოდა.
მხოლოდ 1963 წლის 14 ოქტომბერს უწმინდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ეფრემ II-ის ლოცვა-კურთხევით მცხეთაში გაიხსნა სამოძღვრო კურსები, რომელიც 1965 წელს სასულიერო სემინარიად გადაკეთდა. მისი რექტორი 1972 წლამდე იყო ჯერ შემოქმედელი ეპისკოპოსი, ხოლო შემდეგ ცხუმ-აფხაზეთის მიტროპოლიტი ილია (შიოლაშვილი). პირველ კურსზე ჩაირიცხა 4 მსმენელი, შემდეგ სტუდენტთა რაოდენობა თითო კურსზე გახდა 10 (სულ იყო სამი კურსი).
1972 წელს რამდენიმე თვის მანძილზე სემინარიის რექტორი იყო კათოლიკოს-პატრიარქი დავით V (დევდარიანი), 1972–1977 წლებში – წილკნელი მიტროპოლიტი გაიოზი (კერატიშვილი), 1978–1979 წლებში – დეკანოზი (ამჟამად მიტროპოლიტი) გიორგი (შალამბერიძე), 1979–1980 წლებში – მთავარეპისკოპოსი თადეოზი, 1980–1983 წლებში – მიტროპოლიტი დავითი (ჭკადუა), 1984–1988 წლებში – წილკნელი ეპისკოპოსი ზოსიმე (შიოშვილი).
1988 წელს უწმინდესისა და უნეტარესის, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ილია II-ის ლოცვა-კურთხევით დაარსდა თბილისის სასულიერო აკადემია და სემინარია. აკადემიაში ჩაირიცხა 14 სტუდენტი. მცხეთიდან მას შეუერთდა სასულიერო სემინარია 30 სტუდენტით. აკადემიისა და სემინარიის პირველი რექტორი იყო წილკნელი ეპისკოპოსი - ამჟამად მიტროპოლიტი ზოსიმე (შიოშვილი). 1989-1993 წლებში რექტორის მოვალეობას ასრულებდა პროტოპრესვიტერი გიორგი -ამჟამად მიტროპოლიტი იოანე (გამრეკელი), 1993-2003 წლებში – მიტროპოლიტი აბრაამი (გარმელია), 2004- 2005 წლებში – მიტროპოლიტი თეოდორე (ჭუაძე), 2005-2009 წლებში რექტორი იყო სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი, უწმინდესი და უნეტარესი ილია II, ხოლო 2009 წლის 23 ოქტომბერს სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის რექტორად დაინიშნა პროტოპრესვიტერი გიორგი ზვიადაძე.
1993 წლიდან სასულიერო აკადემიასთან გაიხსნა საღვთისმეტყველო ინსტიტუტი ქრისტიანული ანთროპოლოგიისა და ქრისტიანული ხელოვნების ფაკულტეტებით.
2005 წელს გაიხსნა ხატწერის, რესტავრაციისა და გამოყენებითი ხელოვნების ფაკულტეტი, 2006 წელს – დეკორატიული მებაღეობისა და ეკოლოგიის ინსტიტუტი და საეკლესიო გალობისა და სიმღერის უმაღლესი სასწავლებელი.