2011 წლის 13 დეკემბერს საგანმანათლებლო დაწესებულებათა ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით მინიჭებული ავტორიზაციისა და 2012 წლის 28 დეკემბრის „უმაღლესი განათლების შესახებ“ საქართველოს კანონში მართლმადიდებლურ საღვთისმეტყველო უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებათათვის განხორციელებული ცვლილებების საფუძველზე თბილისის სასულიერო აკადემია და სემინარია სწავლების სამსაფეხურიან სისტემაზე გადავიდა: ბაკალავრიატი, მაგისტრატურა და დოქტორანტურა.
2013 წლის 14 იანვარს კი სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის, მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსის, ბიჭვინთისა და ცხუმ-აფხაზეთის მიტროპოლიტის, უწმინდესი და უნეტარესი ილია II-ის თავმჯდომარეობით, მსოფლიოს მართლმადიდებელი ეკლესიის თეოლოგიის სამეცნიერო ხარისხის მქონე მაღალი იერარქების მონაწილეობით საქართველოს საპატრიარქოში შედგა თეოლოგიის დოქტორის აკადემიური ხარისხის მიმნიჭებელი ერთჯერადი სადისერტაციო კომისიის პირველი სხდომა.
საერთაშორისო-სადისერტაციო კომისიის წევრები იყვნენ: ზიმბაბვესა და ანგოლის მიტროპოლიტი მაღალყოვლადუსამღვდელოესი სერაფიმე (ალექსანდრიის საპატრიარქო), არქადიის მიტროპოლიტი მაღალყოვლადუსამღვდელოესი ბასილი (ანტიოქიის საპატრიარქო), მოსკოვის საპატრიარქოს საგარეო საქმეთა განყოფილების თავმჯდომარე მაღალყოვლადუსამღვდელოესი მიტროპოლიტი ილარიონი, გორლიცეს ეპისკოპოსი, მაღალყოვლადუსამღვდელოესი პაისიოსი (პოლონეთის ეკლესია), კონსტანტიისა და ამოქოსტოსის მიტროპოლიტი ვასილი (კვიპროსის ეკლესია).
სხდომის მუშაობაში მონაწილეობდნენ თეოლოგიის დოქტორის აკადემიური ხარისხის მიმნიჭებელი სადისერტაციო კომისიის სწავლული მდივანი, მანგლისისა და წალკის ეპარქიის მმართველი, ისტორიის დოქტორი, პროფესორი, მიტროპოლიტი ანანია ჯაფარიძე და საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის პრეზიდენტი, აკადემიკოსი თამაზ გამყრელიძე.
სხდომაზე განიხილეს თეოლოგიის დოქტორის აკადემიური ხარისხის მაძიებელი დისერტანტების ათი ნაშრომი: გელათის მეცნიერებათა აკადემიის პრეზიდენტის, მიტროპოლიტ იოანე გამრეკელის - „ბიბლიის თანამედროვე თარგმანების ზოგიერთი საკითხის შესახებ“, თბილისის სასულიერო აკადემიისა და სემინარიის რექტორის, ფილოლოგიის დოქტორის, პროტოპრესვიტერ გიორგი ზვიადაძის - „წმიდა გრიგოლ ნოსელი, ქალწულებისთჳს და საღმრთოჲსა მოქალაქობისა“, თბილისის სასულიერო აკადემიის პატრისტიკისა და დოგმატიკის კათედრის გამგის, ფილოლოგიის მეცნიერებათა დოქტორის, გელათის მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსის, პროფესორ ედიშერ ჭელიძის - „წმიდა მამების სწავლება ცოდვასა და სასჯელზე“, საქართველოს საპატრიარქოს წმ. ანდრია პირველწოდებულის სახელობის ქართული უნივერსიტეტის რექტორის, ისტორიის მეცნიერებათა დოქტორის, პროფესორ სერგო ვარდოსანიძის - „განახლებისა და რეფორმების მცდელობანი საქართველოს მართლმადიდებელ სამოციქულო ეკლესიაში 1922-1932 წლებში“, ფილოლოგიის დოქტორის, გელათის მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსის, დეკანოზ ბიძინა გუნიას - „წელიწადის ცნების თეოლოგიური ასპექტები და საეკლესიო კალენდრის მოდელირების საკითხი“, თბილისის სასულიერო აკადემიის ბიბლეისტიკის კათედრის გამგის, ისტორიის დოქტორის, დეკანოზ გიორგი (გოჩა) გუგუშვილის - „ბიბლია და ძველი ქართული საისტორიო მწერლობა“, ქუთაისის სასულიერო აკადემიის რექტორის, ფილოლოგიის დოქტორის, დეკანოზ მიქაელ (მერაბ) გალდავას - „სულიერ-ზნეობითი სწავლანი წმ. იაკობ მოციქულის კათოლიკე ეპისტოლეში“, ღვთისმეტყველების მაგისტრის, დეკანოზ მიქაელ (მიხეილ) ბოტკოველის - „ძველი აღთქმის წინასწარმეტყველები: წინასწარმეტყველი ზაქარია“, ღვთისმეტყველების მაგისტრის, არქიდიაკონ დემეტრე (დავით) დავითაშვილის - „მონაზვნობა - იძულება თუ ცხოვრების წესი“თეოლოგიის ბაკალავრის, ინჟინერიის მაგისტრის გიორგი ანდრიაძის - „XV-XVI საუკუნეების ლაზეთის ქრისტიანების ისტორიის ამსახველი ახალი დოკუმენტური მასალები“.
საერთაშორისო-სადისერტაციო კომისიამ თეოლოგიის დოქტორის აკადემიური ხარისხი მიანიჭა ათივე სწავლულ მეცნიერ-ღვთისმეტყველს.
2013 წლის 29 მარტს, უწმინდესი და უნეტარესი ილია მეორის ბრძანებითა და კურთხევით, თბილისის სასულიერო აკადემიასა და სემინარიაში შეიქმნა სადისერტაციო საბჭო, რომლის წევრები გახდნენ ზემოთ დასახელებული ღვთისმეტყველების დოქტორები.
შემუშავებული დებულების საფუძველზე თბილისის სასულიერო აკადემიასა და სემინარიაში შეიქმნა დოქტორანტურა, რომლის ხელმძღვანელად დაინიშნა ისტორიის მეცნიერებათა დოქტორი, გელათის მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსი, პროფესორი ელდარ ბუბულაშვილი. სწავლების უმაღლესი საფეხურის - დოქტორანტურის შექმნით თბილისის სასულიერო აკადემიასა და სემინარიაში არის სწავლების სამივე საფეხური.
სადისერტაციო საბჭოსა და დოქტორანტურის დაფუძნებით ჩვენი ქვეყნის ისტორიში პირველად მოხდა უაღრესად მნიშვნელოვანი მოვლენა: თბილისის სასულიერო აკადემია და სემინარია, როგორც უმაღლესი საღვთისმეტყველო-საგანმანათლებლო დაწესებულება, უფლებამოსილია დოქტორანტურის საფეხურზეც განახორციელოს საგანმანათლებლო პროგრამები. ამ მოვლენით ეკლესიის წიაღში დაიწყო უმაღლესი საღვთისმეტყველო სამეცნიერო და პედაგოგიური კადრების მომზადება.
დღეს თბილისის სასულიერო აკადემიასა და სემინარიაში, უმაღლეს საღვთისმეტყველო სასწავლებელში, სასწავლო პროცესის პარალელურად ინტენსიური სამეცნიერო სამუშაოები ტარდება. სასწავლებლის პედაგოგები ერუდირებული მკვლევრები არიან. მათ ბევრი ფასეული ნაშრომით გაამდიდრეს ღვთისმეტყველების სფერო და ქართული სასულიერო მწერლობა.