- პატროლოგია. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, ფილოლოგიის მეცნიერებათა დოქტორი, გელათის მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსი, პროფესორი ედიშერ ჭელიძე.
- ეკლესიის ისტორია:
- მოდული ა) მსოფლიო მართლმადიდებელი ეკლესიის ისტორია. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, პროფესორი, დეკანოზი მაქსიმე ჭანტურია;
- მოდული ბ) საქართველოს სამოციქულო ეკლესიის ისტორია. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, ისტორიის მეცნიერებათა დოქტორი, პროფესორი სერგო ვარდოსანიძე.
- ბიბლეისტიკა:
- მოდული ა) ძველი აღთქმა. პროგრამის ხელმძღვანელი: რუსთავის მიტროპოლიტი, თეოლოგიის დოქტორი, გელათის მეცნიერებათა აკადემიის პრეზიდენტი, პროფესორი იოანე (გამრეკელი);
- მოდული ბ) ახალი აღთქმა. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, ისტორიის დოქტორი, პროფესორი, დეკანოზი გიორგი გუგუშვილი.
- ლიტურგიკა. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, პროფესორი, არქიდიაკონი დემეტრე (დავითაშვილი).
- დოგმატიკა. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, ფილოლოგიის მეცნიერებათა დოქტორი, პროფესორი ედიშერ ჭელიძე.
- კანონიკური სამართალი. პროგრამის ხელმძღვანელი: თეოლოგიის დოქტორი, პროფესორი გიორგი ანდრიაძე.